Такой вопрос надо задавать или в Казахстане или "перевернув" ситуацию ( ввоз в Россию, например муки из Казахстане по контракту с Кипром ) в ФТС и Минфин.
Можно ли задать вопрос в КТС, не изучал.
Вохникнет ситуация буду спрашивать.

Думаю для начала закинуть запрос в нашу таможню.

Задайте, только лучше переверните на ввоз в Россию.

Результат сообщу обязательно

Сегодня отнес запрос в нашу таможню.Ответят через 30 дней

ГТД оформлять не нужно - товар не покидает единой территории ТС.
Ставка по 0% подтверждается отметкой казахского получателя на копии CMR - т.е. товар с территории РФ фактически вывезен.

У нас подобная ситуация, но еще интересней - покупатель (европейская фирма) тоже просит произвести отправку "по поручению" в Казахстан, но в CMR указать не наши отгрузочные счета-фактуры и ТТН, а его (покупателя) инвойсы.

Можно ли так сделать и насколько реально в таком случеа подтвердить ставку НДС - 0%.

Задайте письменно вопрос в налоговую

Позволю себе рассказать как мы вышли из подобной ситуевины. Мы (продавец РФ) заключили контракт в 2008 г. с Покупателем (Гибралтар) на поставку техники в Казахстан. До вступления в силу ТС все было ОК, мы свой 0 НДС подтверждали ГТД с штампом с границы. С вступлением в силу ТС схема стала нежизненспособной. Я обращалась и в таможню и в налоговую и в ТПП, предлагались только обходные схемы, которые по разным причинам нам не подходили. И решили вывозить товар в Польшу (не бейте), там менять документы и отправлять казахам. Конечно, транспортные расходы были ого-го, но и контракт нам надо было закрыть.