Так-то оно так, но одновременно с этим:

В случае совершения указанных операций без помещения временно вывезенных транспортных средств международной перевозки под таможенную процедуру переработки вне таможенной территории, при ввозе таких транспортных средств международной перевозке подлежат уплате таможенные пошлины, налоги в соответствии со статьей 262 настоящего Кодекса.

Если контракт на ремонт, в том числе и текущий (не модернизационный) заключен до выхода судна в рейс, то однозначно надо оформлять ДТ по процедуре переработки вне ТТ. Судно выходит в рейс как товар! соответственно и по приходу в порт РФ необходимо подавать ДТ, закрывать процедуру, и расчет платежей вести из общей суммы всех проведенных работ ( в том числе и текущий ремонт)
Если судно ушло в рейс как ТСМП, то декларирование согласно ст.350 ТКТС по Генеральной декларации на отход (ТД ТС) без помещения под процедуру (ст341 п4). Контракт на ремонт должен быть заключен датой более поздней, чем отход судна. При приходе подать ДТ не получится, так как не было предыдущей процедуры.
При приходе в РФ заявляется в гр.16 Ген.декл сведения о ремонте.
Если были модернизация, дооборудование то заявление и платежи по ТПО.
Если только работы по п.1 ст.347, то только доки по ремонту, ранее иногда требовали заключение ТПП о соответствии ремонта данной ст. кодекса, сейчас согласно письму ФТС от 11.02.13 №04-67/05334 о применении письма Минтранса, заключение Регистра.
Оформляем так уже давно.

Совершенно согласен с вами, вопрос, куда и кому вы подаете заявление для оформления ТПО при ремонте без помещения под обработку?

В основном в таможню по месту нахождения судовладельца (очень удобно), но были случаи и по месту прихода судна.

В соответствии с п. 2 ст. 347 под таможенную процедуру переработки вне таможенной территории помещаются вывезенные (в прошедшем времени, т.е. уже находящиеся за пределами ТС транспортные средства). в соответствии с п. 1 ст. 348 временный вывоз транспортного средства международной перевозки, при его постановке в ремонт, завершается помещением его под ТП переработки.
Декларация подается до начала совершения операций по переработке, а не до убытия судна.
Ст. 341 п. 4 "4. Транспортные средства международной перевозки подлежат таможенному декларированию в соответствии со статьей 350 настоящего Кодекса без помещения под таможенные процедуры". Ремонт не является перевозкой, и при постановке на ремонт (при условии конечно, что совершаются операции не предусмотренные п. 1 ст. 347) временный вывоз транспортного средства завершается помещением его под процедуру переработки вне ТТ ТС (п. 1 ст. 348). И мы имеем товар, помещенный под процедуру переработки, имеем продукты переработки, остатки и пр., а также платежи уплачиваем в размере, установленном ст. 262.
Если под процедуру переработки не поместили то это нарушение, и при ввозе товара (судна после ремонта)его необходимо рассматривать как ввезенное с нарушениями.

В абзаце 2 п. 2 статьи 347 речь идет о размере таможенных платежей. И все для того, чтобы когда таможня выявит недекларирование, применялись положения ст. 262, а не подпункта 1 п. 5 ст. 81 ТК ТС.

Ну да, очень удобно - ушёл транспортным средством с паксами на борту, возникла необходимость в ремонте - паксов выкинул, багаж выкинул, заявил переработку, отремонтировался - и возвращайся порожняком завершать процедуру, ибо не можешь одновременно быть и ТСМП и товаром. Удобно, чё..

Законодательство может быть удобным или неудобным... Оно есть.

...и в нём иногда попадаются мертворождённые нормы..:rolleyes:
Обойдёмся без морализаторства, ага?:rolleyes:

А есть напримеры?