Давайте я попробую Вам объяснить позицию ОКТС так:
Вы не отрицаете, что в период пользования Вами вагонов они совершают международные перевозки? Думаю, что не отрицаете... Также, по видимому, Вы не отрицаете, что за пользование вагонами (как Вы сказали - по своему усмотрению) Вы платите денежку, т.е. несете расходы, связанные, в том числе с перевозкой (транспортировкой) ввозимых товаров до места прибытия на таможенную территорию Таможенного союза. Каким-то образом такие расходы фигурируют в Ваших коммерческих взаимоотношениях с контрагентом по внешнеторговой сделке? Нет? Так как Вы будете подтверждать включение той или иной части от ежемесячной величины платы за пользование вагонами - с приложением какой достоверной, документально подтвержденной и количественно определяемой информации?
Надеюсь, что так стало немного понятнее природа высказываемых предложений по включению дополнительных расходов в структуру таможенной стоимости.
Оспаривать эту позицию можно, но только на основании исчерпывающего перечня подлежащих доначислению расходов (статья 5 Соглашения).
В противном случае можно нарваться на неприменение первого метода (см. пункт 3 статьи 5 Соглашения).

А про разницу в тарифах я имел в виду следующее - насколько я понимаю, тариф по транспортировке товаров по любому маршруту при использовании собственного (продавца или покупателя) либо арендованного (ими же) подвижного состава должен быть ниже, чем транспортировка тех же товаров по тому же маршруту таким же подвижным составом, но находящимся в собственности перевозчика - поскольку свои вагоны перевозчику еще надо на что-то содержать и ремонтировать. Если это так, то, сами понимаете, что понесенные Вашим отправителем расходы по доставке (включенные в стоимость Вашего товара) не соответствуют взимаемой обычно таксе, при этом эти поблажки ему обеспечены Вами...