Закрыться то он закроется, только это будет означать, что Вы купили оборудование с активированными лицензиями. И оформлять ввоз теперь следует именно по этой полной стоимости: железо + лицензии.

Как составите контракт, так и с НДС будет.
Нет никаких проблем при покупке лицензии заключить лицензионный, а при необходимости дальнейшей продажи - сублицензионный договор, который м.б. Приложением к этому контракту.
И не забывайте, что кроме НДС вопрос прибыли появится.

На всякий случай: Суды при рассмотрении вопроса обложения НДС операций по реализации программного обеспечения обращают внимание не только на сам факт наличия или отсутствия лицензионного договора, но и на условия такого договора. Так, к примеру, ФАС Московского округа в постановлении от 01.09.11 N КА-А40/9419-11 указал, что если договор поставки программного обеспечения не содержит указаний на возможные способы использования программного обеспечения, то это свидетельствует об отсутствии обязательного условия лицензионного договора, предусмотренного пунктом 2 части 6 статьи 1235 ГК РФ. Это обстоятельство не позволяет квалифицировать договор в качестве лицензионного (сублицензионного). Следовательно, стоимость компьютерных программ облагается НДС

Выводы
 

Коллеги, спасибо. Благодаря этому обсуждению у меня сложились следующие выводы (поправьте, если где-то ошибаюсь):

1. Платим НДС внутри страны при продаже software на внутреннем рынке:
a. есть договор продажи / поставки на hardware от продавца за границей
b. есть независимый договор продажи / поставки на software с этим же продавцом за границей (т.е. стоимость software не включается в таможенную стоимость железа)
c. должны быть договоры продажи на software на внутреннем рынке по которым мы платим НДС внутри РФ (пп. 4 п.1 ст.148 НК РФ)
d. итог 1: таможенная стоимость уменьшается на размер "лицензионные и иные подобные платежи за использование объектов интеллектуальной собственности…" (пп.7 п.1 ст.5 Соглашения), как следствие уменьшается размер платежей по ввозным таможенным пошлинам + как следствие уменьшается импортный НДС;
e. итог 2: НДС уплачивается внутри страны при продаже software по обычному договору продажи;
f. итог 3: в стране вывоза возврат местного НДС производиться экспортёром только от стоимости hardware, не смотря на то, что он (экспортёр / продавец / поставщик) продал нам hardware + software.

2. Платим импортный НДС при ввозе на границе РФ
a. есть договор продажи / поставки на hardware от продавца за границей;
b. есть лицензионный договор на software с продавцом этого hardware;
c. должны быть лицензионные договоры на software на внутреннем рынке по которым мы НЕ платим НДС внутри РФ (соответствие п. 2 ч. 6 ст. 1235 ГК РФ)
d. итог 1: платим увеличенные таможенные пошлины;
e. итог 2: платим увеличенный импортный НДС при ввозе на границе РФ;
f. итог 3: НЕ платим НДС внутри РФ с продажи software
g: итог 4: получаем постоянную головную боль из-за оспаривания налоговой наших лицензионных соглашений на внутреннем рынке (соответствие п. 2 ч. 6 ст. 1235 ГК РФ).

3. И если я правильно понимаю, то в случае существования договора продажи / поставки software через Internet с этим же продавцом за границей:
a. таможенное оформление такого (виртуально переданного software) не требуется, т.к. физического перемещения товаров не было (ст.1 ТК ТС)