А Вы в итоге через кассу платили или безналом как тут обсуждается?

Платил налом, получилось просто так, сроки поджимали.
Комиссия банка в этом случае 2 т.р.

Тоже сроки поджимают. Будем думать как все провернуть.

Поискал в интернете но так и не нашел, как можно беспроцентно перевести деньги со своего счета на счет таможни. Дал реквизиты Домодедовской таможни жене (она работник Сбербанка), завтра узнает, можно так или нет.
Вообще за перевод денег со счета на счет Сбер берет 1%, но не менее 30 руб и не более 1000 руб. А внесение депозита - это, как я понимаю, не перевод, а платеж ...
В общем позже отпишу.

См. правила по которым производятся платежи физ. лиц в СБ РФ

спасибо, в общем то я так и предполагал
осталось узнать, является ли Домодедовская таможня партнером Сбербанка
в противном случае светит % от суммы ...

Ну, вообще то, Домодедовская, как и любая другая, таможня не может быть чьим - либо "партнёром". Такие "тёплые" вопросы ФТС подчинённым не отдаст, а то "напартнёрят". ФТС + Сбербанк = дружба навек на всей территории России.

В общем то логично :)
Но, поскольку деньги переводятся на счет Домодедовской таможни, а она является структурным подразделением ФТС - будет ли взиматься % ?

Все налоговые платежи в бюджет через Сбербанк - бесплатно. Недавно налог на транспортное средство платил - 0%

Все верно.
Скачал с сайта Домодедовской таможни реквизиты, дал жене, она узнала в банке - платеж беспроцентный. Так и сделаю, сэкономлю пару тысяч.
Куплю жене сапоги :)