Это понятно.

Здесь не совсем. Обнаружив "недостачу" я корректирую платежи в ГТД в меньшую сторону, по "фактически" поступленному товару.

В итоге у меня некоторое количество товара - физически есть, по документам - нет.

Здесь рассматривалась обратная ситуация, в которой у грузополучателя некоторого количества товара фактически нет, а по документам оно как-будто бы есть.
Наверное Вы всё же предпочтете скорректировать платежи, основываясь на сведениях о количестве фактически поступившего товара. Тогда у Вас и квота не будет уменьшена зазря и на балансе всё будет нормально числиться. :)

Это теоретический спор? Мне бы не хотелось переходить к обсуждению УГОЛОВНО наказуемых деяний. Я отвечал лишь на то, что нужно сделать с т.з. Закона при обнаружении недостачи. Исходя из того, что те, с кем это приключилось - честные люди, а не жулики.

Конечно :)