ЗоТТ:
Статья 19.1. Дополнительные начисления к цене, фактически уплаченной или подлежащей уплате
1. При определении таможенной стоимости ввозимых товаров по методу по стоимости сделки с ввозимыми товарами к цене, фактически уплаченной или подлежащей уплате за эти товары, должны быть дополнительно начислены:
5) расходы по перевозке (транспортировке) товаров до аэропорта, морского порта или иного места прибытия товаров на таможенную территорию Российской Федерации <...>

Вознаграждение входит в расходы на перевозку? В счете сумма выделена отдельной строкой? Включайте.
Какое значение имеет тот факт, что "Экспедитор - российское ЮЛ"?

У меня возникает такой же вопрос!! По ТЭО будет 2 счета:
1) расходы по перевозке от склада отправителя до порта;
2) комиссия экспедитора.

И, по словам Экспедитора, в там. стоимость входит только первое!

В договоре есть пункт о вознаграждении?

По договору: "вознаграждение агента (экспедитора) составляет 5% от суммы услуг, оказанных линиями, агентами, экспедиторами".

И в приложении к этой поставке будет сумма вознаграждения?
ИМХО, если есть хоть малейшее указание в каких-либо документах на вознаграждение, то включать необходимо. Не знаю, как у Вас, а у нас в таможне этот вопрос решен однозначно, со ссылкой на 19.1 ЗоТТ.
Другой вопрос - всю ли сумму? Ведь разбивки в счете, какая часть вознаграждения за перевозку по "вражеской территории" , а какая - по нашей, нет. И методика разбивки не определена.
Так что, однозначный ответ на свой вопрос Вы здесь вряд ли получите. Попробуйте поговорить с ОКТС Вашей таможни.