автор киряет что ли?

Не приняли СТ-1, Потому что не приняли код и код поменяли на свой (таможня). Сейчас код таможни.

Мия, дай нюхнуть дури.
Дело было так ?
Была подана ДТ в ней код ТН ВЭД.
Таможня не согласившись с кодом приняла решение о ином коде что оформила Решением о классификации по установленной форме. Есть такая бумага у вас, умоляю скажите !.
Далее, поскольку в СТ-1 иной код, то СТ-1 не принимается и необходимо для выпуска заплатить пошлину что было и сделано.
Откуда взялось обеспечение ? Потребовали внести обеспечение на время проверки или предоставления иного СТ ?, но тогда нет уплаты пошлины.

Говорят, цветки помидоров хороши.

Почему же для выпуска необходимо заплатить пошлину?

Как раз для выпуска необходимо вносить обеспечение на размер пошлины и доплаты НДС.

Пошлину платили в процессе там.оформления или нет?

Решением о классификации по установленной форме нам не давали.
Для выпуска товара необходимо было внести обеспечение уплаты таможенных пошлин, налогов. Внести обеспечение уплаты таможенных платежей - выписка из РЕШЕНИЯ О ПРОВЕДЕНИИ ДОП.ПРОВЕРКИ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СТРАНЫ ПРОИСХОЖДЕНИЯ

При классификации товара таможенным органом если решение не принято (как правило при назначении экспертизы) вносится обеспечение - затем выпуск.
Если же таможенный орган выражая свое несогласие с заявленным в ДТ кодом сразу принимает решение, то он оформляет решение о классификации по установленной форме и требует доплатить. Доплатили - выпуск, не заплатили отказ.
Иного не бывает.
Листья помидор ?, интересно.

ПОШЛИНУ НЕ ПЛАТИЛИ Т.К. НАШ КОД БЫЛ С ПОШЛИНОЙ 0%

Здесь сложный случай.
Классификация сама по себе не влияла бы на платежи, если бы СТ-1 приняли бы.
Поэтому доп.проверку по стране назначили.
Пока доп.проверка не закончилась, платить ничего не надо было.

Более понятно. Тогда внесли обеспечение и выпуск под обеспечение. При чем тут еще пошлина уплаченная.
Доп. проверка завершена ? Какое принято решение ? Если нет, дайте им ПКР и ждите решения.
Когда решение будет, обжалуйте его.
Осталось только уточнить каким образом в ДТ изменился код. Или это произошло полюбовно еще до подачи ДТ ?