Начните со звонка на горячую линию ФТС.

Логично, но на какой номер? На сайте http://www.customs.ru/ru/contacts/ его нет:

Приемная ФТС России:
(495) 449-7771, 449-7675, факс: (495) 913-9390, 449-7300

Справочная телефонная служба ФТС России:
(495) 449-7235

Управление по связям c общественностью:
(495) 449-7252, факс (495) 449-7319

Телефон доверия ФТС России:
(495) 449-7997

Ну так при оформлении очередной посылки принесите им в качестве доказательства данные (стоимость и вес) о первой посылке месяца, которая была бесплатная. В чем проблема-то?

Таможенный инспектр заявил, что начальник приказал учитывать лимит 1000 евро и вес 31 кг. только на первую посылку. Т.е. их не интересовала стоимость и вес первой посылки при оформлении второй посылки.

Я уже заплатил пошлину и получил вторую посылку. Как мне обжаловать действия таможни и не допускать такие нарушения в дальнейшем?

А зачем Вы заплатили пошлину? Обратитесь на тот же пост с документами по первой посылке и потребуйте сделать перерасчет. В случае отказа (письменного) - либо жалоба в вышестоящий орган, либо обращение в суд. Деньги-то Вам вернут, это даже не вопрос, но и таможенников не накажут. Как Вы теперь будете доказывать, что это была не Ваша инициатива?

Я заплатил пошлину, потому что хотел быстрее получить свою посылку. Т.е. теперь мне нужно написать завление на имя начальника таможни с указанием всех обстоятельств и вручить секретарю? Мой случай не единичный, я знаю людей (по форуму), которые уже платили пошлину за вторую посылку и которым это еще предстоит. Ваш совет очень важен для нас.

Совет на будущее. Никуда не торопиться. Никуда. Вообще. Чтобы не случилось. Всем видом показывать инспектору, что Вы никуда не торопитесь (даже если на самом деле торопитесь очень сильно). Вы себе даже представить не можете, от скольких незаконных действий мы спасаем таможенников, желая что-то "побыстрее получить".
Собираете все документы и пишите заявление на имя начальника таможни о возврате излишне уплаченных платежей. Образец заявления найдете в приказе ГТК № 607 от 24.05.2004. К заявлению прилагаете все документы по посылкам и уплаченным платежам. В течение месяца Вам должны дать официальный ответ об отказе в возврате средств либо вернуть деньги. Далее с отказом обращаетесь в суд. Реально, по своему опыту говорю, процедура возврата растягивается в среднем на полгода. так что в следующий раз хорошенько подумайте прежде чем уступать требованию инспектора для того чтобы "побыстрее получить посылку".

Brock, буду благодарен, если Вы найдете время посмотреть и прокомментировать шаблон документа, по которому я и другие пострадавшие направят заявления о возврате денежных средств.

Спасибо, посмотрел. Относительно содержания письма у меня вопросов нет, однако я все же хочу Вас предупредить, что писать заявление на возврат нужно точно по шаблону приложения № 2 приказа № 607. Поймите, это очень важно. Совсем нередки случаи, когда таможня возвращает заявление не рассматривая только из-за того, что оно сделано не по форме. Например, заявление пишется на имя начальника таможенного органа, в кассу которого или на счета которого были уплачены денежные средства. В случае с юридическим лицо указывается начальник таможни, которая фигурирует в 107 поле платежного поручения. Как быть в Вашем конкретном случае я не знаю, однако не думаю, что заявление нужно дублировать трем начальникам от таможенного поста до управления, т.к. это противоречит шаблону. Ну и т.д.

С физическим так же. Пишется только на имя начальника таможенного органа, т.к. он правомочен принимать решения о возврате или зачёте.
Но учтите что в Вашем случае "Добровольной уплаты" пока нет излишней уплаты и Вам придётся её сначала доказать. Кстати добровольная уплата, не означает отказ от обжалования неправомерных действий. Соответственно Вам необходимо обращаться с жалобой на неправомерные действия таможенного органа. А дальше, в случае принятия решения о неправомерности, соответственно подавать заявление о возврате (по приказу 607), с приложением оригинала ТПО (иначе не вернут).