А я вот не поняла что в итоге с 38 графой (вес нетто).
Читаем:
1) Информация ФТС России от 02.12.2010 "Произошли небольшие изменения в правилах заполнения графы 38 ДТ «Вес нетто» в части дополнительного указания массы «нетто» декларируемого товара без учета всех видов упаковки при наличии таких сведений в транспортных (перевозочных), коммерческих, иных документах либо на упаковке товара."

Таким образом в 38 графе у нас будет стоять 2 веса? Вес с первичной упаковкой и через дробь чистый вес нетто? (конечно это касается только товаров в первичке, таких как консервы и т.д.)

Да. Но только при наличии таких сведений в документах.
Особенно актуально для товаров, у которых вес первичной упаковки больше чистого веса. Например, духи в стеклянном флаконе: вес нетто - 500 г, чистый вес - 7 г. То же и с алкоголем.