Таможенными органами являются:
- орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела (ФТС)
- региональные таможенные управления
- таможни
- таможенные посты

В том числе, специализированные.

специализированные посты, но не региональные управления.

"N 311-ФЗ:
Статья 10. Система таможенных органов
1. Таможенными органами являются:
...
2) региональные таможенные управления;
3) таможни;
4) таможенные посты.
...
3. Компетенция конкретных таможенных органов, указанных в пунктах 2 - 4 части 1 настоящей статьи, по осуществлению конкретных функций, совершению определенных таможенных операций, а также регион деятельности этих таможенных органов определяются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области таможенного дела.
4. Федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела, вправе создавать специализированные таможенные органы, а также свои структурные подразделения (департаменты, управления), компетенция которых ограничивается отдельными правомочиями для выполнения некоторых функций, возложенных на таможенные органы, либо для совершения таможенных операций в отношении определенных видов товаров.
5. Региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты действуют на основании общих или индивидуальных положений, утверждаемых федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области таможенного дела. Таможенные посты могут не обладать статусом юридического лица".
Данный документ доступен для всех заинтересованных лиц

Если ФТС создаёт специализированный таможенный орган, компетенция которого ограничивается совершением операций в отношении определённых видов товаров (например, СЗАТП) то решение ФТС о создании такого органа затрагивает неопределённый круг лиц?

Таможенные органы составляют единую федеральную централизованную систему.....
...и по вашему мнения...данная система...не затрагивает ничьих интересов...кроме как БАЮ унд андере ????

По-моему, как раз наоборот (Вы могли бы это заметить, если бы прочли мои более ранние сообщения в данной ветке). Более того, я думаю, что и создание ЦКЭТУ затрагивает таковые интересы, соответственно вполне правомерно требование регистрации Минюстом положения о ЦЭКТУ.

К слову, Положение о ЦАТ (!) не зарегистрировано в Минюсте. Положение о ЦЭТ - тоже. Надеюсь, что и Положение о ЦБТ.
Давайте все-таки использовать однообразную терминологию, а то сказали "затрагивает интересы" и поменялось содержание. Существенно. Напоминаю, в Постановлении Пленумов говорится про "наличие в нем (нормативном правовом акте - курсив мой. choonya) правовых норм (правил поведения), обязательных для неопределенного круга лиц..." Это уже не просто любовь, а как бы помягче выразиться...
И какие обязательные нормы для участников ВЭД мы видим в обсуждаемом Положении? Я лично не вижу.
К примеру, может быть это Вас убедит. Минюст не увидел обязательных для неопределенного круга лиц норм и в таком документе, который напрямую затронул интересы всех участников ВЭД. Привожу распечатку из Гаранта:

Приказ Федеральной таможенной службы от 22 ноября 2006 г. N 1206
"Об утверждении Инструкции по проведению проверки правильности определения таможенной стоимости товаров, ввозимых (ввезенных) на таможенную территорию Российской Федерации"

В соответствии с письмом Минюста РФ от 18 января 2007 г. N 01/278-АБ настоящий приказ не нуждается в государственной регистрации (информация опубликована в Бюллетене Министерства юстиции Российской Федерации, 2007 г., N 4)

А вот интересно в свое время переименование ГТЛ в ЦЭКТУ было утверждено в Минюсте? По закону должно было бы.

По пункту 4 " компетенция которых ограничивается отдельными правомочиями для выполнения некоторых функций, возложенных на таможенные органы, либо для совершения таможенных операций в отношении определенных видов товаров" - тогда объясните, почему у вас вналичии не только экспертиза но и закупка оборудования, наличие собственной ручной бухгалтерии и отдела кадров, собственного ручного правового и материально-технического отделов?

по пункту 5 "Региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты действуют на основании общих или индивидуальных положений",- где есть слово про специализированные таможенные органы?

у них еще и строительство