Спасибо за инфу, будет чем апелировать перед налоговой теперь:)
а то они видимо лишних телодвижений делать не хотят, так же удобней когда все в готовом видет предоставляют

Не торопитесь отказываться от лишних телодвижений. Изменения в НК России в части предоставления ДТ с отметками пограничной таможни для подтверждения ставки НДС не вносились. Так что налоговая при наличии желания и отсутствии ДТ с отметками с границы может отказать в подтверждении ставки сославшись на закон - НК России. А соглашение - это межведомственный документ, не влияющий на применение НК России.
Пообщайтесь со своей налоговой, чтобы все было по обоюдному согласию, а не по принуждению ;) :)

правильно, от инспектора очень много зависит в этом вопросе

копии дт и cmr заверить печатью организации достаточно?

Вполне.