Отмена выпуска
 

Может ли вышестоящий руководитель/там.орган принять решение об отмене ранее принятого решения о выпуске товаров?

В рамках ведомственного контроля, может

Приказ ФТС России от 1 июля 2016 г. N 1310 "Об утверждении Порядка проведения ведомственного контроля решений, действий (бездействия) в области таможенного дела"

Вышестоящий таможенный орган или вышестоящее должностное лицо таможенного органа в любое время в порядке ведомственного контроля вправе отменить или изменить не соответствующее требованиям права Евразийского экономического союза и законодательства Российской Федерации о таможенном деле решение, а также признать незаконным действие (бездействие) нижестоящего таможенного органа или нижестоящего должностного лица таможенного органа в области таможенного дела.

Ага, т.е. считаем выпуск обычным решением без особенностей, который можно отменить также как и решение о классификации, например.
Тогда что должно произойти после отмены выпуска?
Вот у нас таможня отменила выпуск товаров, ввезенных пару месяцев назад и требует вернуть их на СВХ.
Но эти товары ввозятся постоянно, используются при производстве продукции, смешиваются между собой и установить где они сейчас находятся и при производстве какой продукции были использованы невозможно.
Получается при невозможности идентификации я получаю только плюсы - возможность вернуть платежи.
Таможня не имеет право прийти и просто изъять подобные товары, т.к. невозможно установить, что это именно товары, выпуск которых отменили, а не выпущенные позже по другим ДТ, так ведь?

Бухгалтерии нет на предприятии?

Есть. Как Вы ей предлагаете привязать расходуемые материалы к производимой продукции? Закупил я 1000 л масла и заливаю его в продукцию (1 л в каждую) вот они и списывают произведено 1000 шт - списали 1000 л. По каким именно ДТ эти 1000 л были оформлены им неведомо. А из это 1000 л только 100л выпуск отменили.

Опечатают расходную емкость, изымут документацию, ивсе дела.

Ну а где эту емкость то найти?
Масло в бочках по 250 литров - будут пустые бочки из под него искать, так их утилизировали давно.

То что этого не знаете вы, не значит что Бухи не знают. При однотипной и постоянной номенклатуре используется правило Fi-Fo.
Если на момент отмены вы сможете доказать что товары уже реализованы, так и отвечаете. А если не реализованы, будьте добры сливайте свой литр с каждого.

Мне ничто не помешало бы ответить таможне, что выполнить требование невозможно, поскольку данные товары отсутствуют в неживой природе, будучи истребованы в производственном процессе.