Подскажите пожал-та, правда ли что ребятки из этого отела имеют полномочия, схожие с ГУБК, которые позволяют им беспрепятственно досматривать грузы?

Полномочий у них не больше, чем у любого другого подразделения. И все эти полномочия прописаны в таможенном кодексе. Для проведения досмотра до выпуска много не нужно, а вот после выпуска досматривать и осматривать товары можно в рамках специальной ревизии.

Есть еще закон об оперативно-розыскной деятельности, но им руководствуются только оперативники (ОРО, ОСБ)

не правда...читай пост Vik... а еще для общего развития ст. 372 ТК РФ, там прописаны основания для досмотра, коими является принцип выборочности, основанный на системе управления рисками (читай "досматривать можно все и всегда до выпсука") иных оснаваний нет