Начислили пени как бы задним числом
 

Ситуация такая:
ГТД была выпущена 27.03.2009, но под "таможенную расписку" так как ТС уточнялась ввиду спорности заявленного кода 32149000.
30.07.2009 получено решение о переклассификации заявленного кода с 32149000 на 32091000 (с 5% на 15%), таким образом возникла разница для доплаты (около 18000 рублей).
НО! таможня выставила требование, в котором кроме требования уплаты доначисленных платежей есть и прим. 1000р пени, начисленных с 27.03.09 по 30.07.09.
Курил поиск, читал статьи ТК, но не понял, законно ли начисление пени за период, в котором не существовало обоснованных на то причин?

Разумеется, законно.
Статья 349 ТК РФ.
1. При неуплате таможенных пошлин, налогов в установленный срок (просрочке) уплачиваются пени.

Cогласна.
Вопрос к Хоттабычу: как это не было причин? Да, тАможня не была уверена, что пошлина увеличится, но товар-то изначально имел код с пошлиной 15%.

В ГТД был заявлен код под 5%.
в ДТС написано "ТС принята".
Соответственно нет причины для доначисления - нет и начала срока исчисления давности по уплате ТП.
По спорному коду был отбор проб, направлены в ЦТЛ. Ответ пришёл только сейчас. Я бы понял законность начисления, что если бы мы не оплатили в теч. 15 установленных дней, то имели бы место пени, но в данном случае срок, по идее, должен был бы исчисляться с момента получения решения ЦТЛ, а не с момента выпуска ГТД. Так было бы логичней.

И что? Бывает, что таможня товар выпустила без всяких сомнений, а месяцев через одиннадцать в результате таможенной ревизии вам доначисляют платежи и про пени не забывают. Хотя ни вы, ни ваша таможня ни сном, ни духом. Обычное дело.

Срок исячисляется с даты, следующей за последним днём, в который платежи подлежат уплате.
Последним днём считается дата выпуска ГТД (разумеется, если с момента представления товаров таможенному органу не минуло 15 дней. Если бы минуло, то пени отсчитывались бы "с 16-го дня").

дата подачи ГТД...

Простите, не осмыслил Вашу фразу.:(

Вы пишите, что сроки исчисляются с момента выпуска ГТД, я Вас поправил, что исчисляются с момента подачи ГТД. Вроде ничего сложного...

а пачиму?