графа 31 п.2
 

подскажите, как указать упаковку, если есть:3 кортон. коробки - 3 грузовых места, в каждой из этих 3х коробок, еще по 2 картон. коробки, груз один

Так и указать: 2-3 CT-3. Если вопрос встаёт по разнице веса, то можно в 31-ой расписать, например, в 1 к/к 2 к/к меньшего размера.

Если 2 картонные коробки - индивидуальная тара товара то правильней будет указать
"2-1, CT-3
2.1-CT"

как то не правильно, 2 каробки в каждой из 3х коробок, это не индивид. тара, это все упаковка.
А в первом варианте вы вообще эти 2 коробки игнорируете, всего упаковок палучается 9, 3 первичные и 6 вложенных, все надо бы учесть