по ст. 361 и 363
 

Имеет ли право запрашивать документы для контроля любой таможенный орган или такое право есть только у того, где зарегистрирован участник ВЭД и соответственно происходило таможенное оформление?
Заранее спасибо за ответ.

Прежде чем отвечать на запрос таможенного органа, получите у него разъяснение о причинах и основаниях такого запроса (ст. 23 ТК).
Если исходя из полученного ответ Вы сочёте, что таможенный орган нарушает Ваши права и законные интересы, то обжалуйте требование о предатсвлении документов и сведений.

А почему оформление должно происходить по месту регистрации ?

Поясню, суть в том, что фирма зарегистрирована на одной таможне и оформлялось всё только на ней. А другая таможня требует документы для проверки (анкета, договора аренды и поставок, книгу продаж и т.п.). Вот собственно и вопрос.

Возможно Ваша фирма зарегистрирована в регионе деятельности таможни, направившей Вам запрос?

Фирма зарегистрирована в Москве (СЗАО), а запрос из Зеленоградской таможни

Возможно в Зеленограде всплыла счёт-фактура со ссылкой на Вашу ГТД.

А всплыла бы какая-нибудь счёт-фактура во Владике? И туда бы пришлось отправлять документы? Напрямую в Зеленоград товар не поставляется, что там могло всплыть - одному богу известно. Насколько я понимаю, детали по ГТД они могут сами узнать сделав запрос в таможню, на которой оформлялась эта ГТД

Вообще, по приказам таможенный орган должен направить запрос не Вам, а в тот таможенный орган, в регионе деятельности которого Вы зарегистрированы. Они и должны произвести необходимые процессуальные действия - опросы, изъятия и т.п. Но встречался с ситуациями, когда сотрудники оперативной таможни сами прибывали для исполнения действий или высылали требования непосредственно УЧВЭДу. Но это только оперативная таможня. У них регион деятельности иной, чем у обычных таможен.

После разгона Северной таможни, а впоследствии реорганизации Московских, Вы вполне могли попасть регион деятельности Зеленоградской таможни, которой передали дела (а скорее всего так и есть). Поэтому она и прислала запрос.
А вообще - внизу запроса есть телефончик исполнителя - позвоните и узнайте, что да как. Общение с ОТИ бывает очень полезным и информативным;)