как выйти из ситуации
 

Пришел товар по им40 с колпачками из алюминевой фольги для бутылок с шампанским. Колпачки сложены один в один и в ряду,в каждый последний(чтобы не сминались края)вставлены одноразовые стаканчики для питья. Про них в документах ни слова. Сделали осмотр до подачи ГТД. Стаканчики-отдельный товар,задекларировать не сможем,т.к. не сможем сделать сертификацию. Как быть?Можно ли обойтись без возбуждения дела на перевозчика?

В каком документы эти изделия имеют название "одноразовые стаканчики для питья"? М.б. ещё не поздно их переименовать? Например, "пластиковые полые усечённые конусы для предотвращения сминания краёв колпачков из фольги"?

А Вы не пробовали полимерные вкладыши и бумагу из туфель отдельно заявлять?

Если напишут, что в туфли, с целью предотвращения заминания кожаного верха, вложены бумажные одноразовые тарелки, а обёрнуты эти туфли в столовые бумажные салфетки, то тогда конечно...

На дне стаканчика надпись"для холодных и горячих напитков". Переименовывай,как хочешь,но таможня считает,что это отдельный товар,подлежащий декларированию.

С учетом надписи на стаканчике, таможня видимо считает,что надо подать им "горячие напитки и холодные закуски"
А стаканчики наверное и под гигиену попадают ?

Упаковочные материалы классифицируются совместно с товаром лишь в том случае, если они такого вида, какой обычно применяется для данного рода товара. Поскольку полимерные вкладыши/бумага обычно применяются в качестве упаковочного материала при транспортировке обуви, то с ними вопроса не возникнет. В случае же, описанном автором темы, думаю, таможня права, поскольку "стаканчики" вряд ли можно признать упаковочным материалом, обычно применяемым для данной цели.
Как пример. Если растительное масло разлито в пластмассовые/стеклянные бутылки, уложенные в картонные коробки, то бутылки/коробки являются тарой/упаковочным материалом и классифицируются совместно с маслом. Если же масло будет разлито в хрустальные кувшины, уложенные в дубовые ларцы, то эти изделия тарой/упаковочным материалом являться не будут и должны быть классифицированы в соответствующих товарных позициях в соответствии с ОПИ №5 (б).

Сколько же их, этих изделий, применённых не по прямому назначению, что этим количеством нельзя пренебречь? Вы эти изделия заказывали, в спецификации к контракту они есть? В инвойсе эти изделия прописаны, цена за них объявлена?

Ни в одном документе стаканчики не прописаны. Они стали сюрпризом.Общее количество более 10000шт.

Не представляю как эту ситуацию можно разрулить теперь безболезненно. (за исключением, что на посту пообещают не заметить стаканичики в случае досмотра :) От получения разрешительной документации не обойтись. А стаканчики сделать беслатной поставкой сувениром в рекламных целях, но только все равно надо будет делать отдельно спецификацию, отделять вес, кол-во. Цену прописать, только в таможенных целях. И заплатить за это пошлину.