про сертификаты
 

на каком основании таможня просит указания комплектности товара в сертификате.

Думаю, что таможня не может этого "просить". Таможня может указать на то обстоятельство, что комплектность декларируемого товара отличается от комплектности товара, на который выдан сертификат.
И на основании этого сделать определённые выводы.

есть ли нормативный акт указывающий на необходимость указания комплектности в сертификате.

Вам лучше порыться в документах, регламентирующих оформление сертификатов. Здесь же, скорее всего, можно найти ответы на вопросы, связанные с использованием сертификатов для целей таможенного оформления.

Пульт управления в комплекте с батарейками, а в серте просто"пульт"?
Шына в комплекте с автомобилем, а в серте просто "шЫна"?

...или краскопульт...

Есть такая.
Называется она на язЫке КОАП РФ "Статья 16.3. Несоблюдение запретов и (или) ограничений на ввоз товаров на таможенную территорию Российской Федерации и (или) вывоз товаров с таможенной территории Российской Федерации".