международный транзит по CMR по территории РФ
 

водитель я думаю может попытаться взять гарантию склада (например РОСТека), но ему доверенность на это нужна будет или ехать под конвоем.

в том то и дело, у водителя нет ни доверенности ни печати и т.п., а под конвоем ехать дорого - груз золотой получится..
почему нельзя внести деньги в кассу, получить расписку и поехать?

Нет такой услуги как оплата депозита на границе наличкой, только конвой или гарантия склада на практике применяется. Я о других вариантах с водителями не слышал и на моей практике таких не было.

если на границе нет возможности оплатить, то может есть вариант оплатить в вышестоящем таможенном органе?

оплачиваете, подаете заявление в таможню, прикладываете платежки, вам выписывают таможенную расписку и оформляют сертификат. Этот сертификат и будет подтверждением обеспечения на границе и прилагаться к транзитной декларации. К водиле как вы его доставите - это проблема.

возможно ли наличными оплатить и если да, то можно ли это сделать в пункте пропуска?

Нет.
Только безнал.
Только в таможне.
На некоторых таможенных постах есть терминалы (зелёная карта), через них можете внести.
В пункте пропуска можно только с РОСТЭКом за наличку решить.

РОСТЭК требует доверенность перевозчика водителю, а ее нет, перевозчик в Узбекистане, водитель в нейтральных "водах" под Украиной. в общем вопрос пока открыт до понедельника.
спасибо всем за проявленный интерес к нашей проблеме. если возникнут идеи как можно побыстрее решить, то милости прошу в личку или в теме пишите, пжл.

У Вас что цветного принтера под рукой нет.