Авто из Литвы
 

Работает ли сейчас схема, что можно зарегистрировать фирму в литве получить ВНЖ и являясь директором этой самой фирмы провезти машину через границу на 3 месяца. И потом просто каждый год выезжать за границу и въезжать снова?

Можно ввозить авто только самостоятельно. В вашем случае можно будет ввозить только имея ВНЖ, ПМЖ или гражданство Литвы. Но даже если и получите ВНЖ (с uab будете платить примерно 220-300 евро налогов+бухгалтерия в месяц), то все равно будут проблемы т.к. практически проживаете в РФ. Или снимайтесь с регистрации, вставайте на консульский учет, меняйте загранник, делайте перевод карточки и справки с "места жительства" и молитесь, чтобы таможенник не придрался к тому, что у Вас ВНЖ, а не ПМЖ, и не начал "считать" въездные штампы. А потом Вам еще и ВНЖ в Литве не продлят.
Я так езжу уже два года по определенным причинам, но точно могу сказать - оно того не стоит.

мне сказали что 300 евро в год придется платить бухгалтеру и за фирму

Это неправда, минимум это 140 евро в месяц налогов. Бухгалтер 30 евро минимум в месяц. Итого 170 в месяц, это самый минимум, а еще нужно место жительства задекларировать. И да если не будете тут жить то через год будут сложности, могут и не продлить.