возврат пеней за пределами трёхлетнего срока
 

Ситуация такая - декларации выпущены в январе 2011 года, поданы иски и выиграны суды по возврату условных КТС в июле 2012 г.
Соответственно возможность вернуть пени у нас появилась не в 2011 г., когда таможней было принято решение о зачете этих средств, а после выигранных судов в 2012 г. Также таможня нас уведомила о наличии этих излишне взысканнных д/ср в августе 2012.
Пишем заявление на возврат незаконно начисленных пеней в апреле 2014 (да, бухи...), получаем отказ - так как вышли за пределы 3-летнего срока подачи заявления на возврат.
Вопрос - мы можем обжаловать этот отказ в досудебном порядке, т.к. основание написать заявление на возврат пеней появилась не в 2011, а в 2012 г? И 3 года еще прошло?

По описанию трудно судить об обстоятельствах, в том числе что было предметом иска который Вы выиграли в суде.
Но в общем случае ( про ваш ничего не говорю) деньги можно через суд вернуть с таможни по истечению трехлетнего срока подав имущественный иск и в этом случае подлежит применению общий срок исковой давности установленный ГК РФ ( СТ. 196, 200 если я правильно помню), то есть в течении трех лет как Вы узнали о нарушении своего права.

Спасибо за оперативный ответ.
Предмет иска - незаконные действия и решения таможни о непринятии первого метода определения таможенной стоимости.

Хотелось бы узнать, реально ли вернуть эти пени в рамках ТК, без судов и следствий, обжаловав первый отказ в вышестоящие органы.

Обжаловать можете и даже нужно ,но скорее всего вопрос придется решать через суд,так как формально срок действительно нарушен. А восстановить право,может только суд,если найдет основания конечно.

Конечно нет, никогда вышестоящий орган не признает решение таможни об отказе удовлетворить заявление о возврате или решение о возврате заявление без рассмотрения незаконным, себе дороже. Но попробовать можно, это же ничего не стоит., но при таком обжаловании нормы ГК РФ УЖЕ НЕ ПРИМЕНИМЫ.

Ошибочное мнение. И признают,и удовлетворяют.

Я рассматриваю принципиальные случае, а не случаи когда отказали из - за того что нет например " образца подписи лица..." или аналогичную лабудень.

По "лабудени" - нормальная организация,которая нормально работает с таможней,данные вопросы нормально решает на уровне таможни.:)

Надо попробовать обжаловать в порядке ведомственного контроля.