Чем отличается лицензия от разрешительного документа
 

В положении на ввоз радиоэлектронных средств или высокочастотных устройств сказано, что можно ввозить либо при наличии лицензии, либо разрешительного документа?
как понять что оформлять нужно?

ну, либо то, либо другое.

А в связи с чем выбор такой предлагается?
Если бы под документами понималось одно и то же, то и был бы один документ.
Все равно же есть какие-то тонкости

так там же, в "положении", усё написано:

II. Помещение под таможенные процедуры
7. Помещение радиоэлектронных средств и (или) высокочастотных устройств под таможенную процедуру выпуска для внутреннего потребления осуществляется при представлении таможенному органу государства-члена лицензии или сведений о включении в единый реестр.
8. Помещение радиоэлектронных средств и (или) высокочастотных устройств под таможенные процедуры переработки для внутреннего потребления, переработки на таможенной территории, временного ввоза (допуска), свободной таможенной зоны, свободного склада, а также под таможенную процедуру реимпорта в целях завершения действия таможенной процедуры переработки вне таможенной территории осуществляется при представлении таможенному органу государства-члена заключения (разрешительного документа) или сведений о включении в единый реестр, если иное не установлено настоящим Положением.

Надо оформлять лицензию на основании решения ГКРЧ/РЧЦ, разрешительный документ на коммерсов не распространяется, только на оборонку