2 контракта и одна ДТ
 

Если есть 2 контаркта на оборудование и приезжают вместе 2 ящика и к каждому свой инвойс. Модель оборудования одна, цена немного различается из-за разной конфигурации.
Можно ли подавать в рамках одной ДТ?

нет.

А как делать в таких ситуациях, чтобы подавать одну ДТ?

Один контракт и 2 приложения к нему и 2 инвойса?
Тоже самое и 1 общий инвойс?
Просто 2 инвойса без контракта?

Главное, чтобы один контракт был (одна сделка). Ну а сколько приложений и инвойсов - это как захочется.

Выходит можно сделать один контракт без суммы и дальше делать приложения\инвойсы на каждую поставку? А если сумма с несколькими приложениями превысит 50К (по каждому приложению\инвойсу меньше 50K, но суммарно превысит), паспорт сделки не придется делать банку?

Да, на каждую поставку рисуешь приложение и вперёд.
Можно сразу ПС открыть, без суммы.

А если нет контракта, а просто 2 инвойса, тогда тоже нельзя в рамках одной ДТ?

По идее, 2 инвойса - это две разные сделки, так что, со всеми вытекающими.
Можно сделать заказ какой-нить, в нём указать товар по двум инвойсам. Вот этот заказ предъявлять как сделку.

Выходит либо один контракт с приложениями, либо заказ, а больше нет вариантов?

нет