Валюта
 

Люди подскажите пожалуйста! Завозим оборудование из Германии, предоплата в 2018 году была в евро, весной 2019 годы было заключено доп.соглашение,это том, что валютой контракта остаётся евро, но оплату можно проводить в иной любой валюте, доплата была произведена в Швейцарских франках, паспорт сделки (унк) был переведён с евро во франки. Инвойс выставлен в евро. Какую валюту заявлять при подаче? (Франки? т.к унк во франках). Предоплату, которая была в евро нужно перевести во франки по курсу на день оплаты? (Для ДТС и заявление стоимости оборудования во франках).

вот зря вы перевели УНК во Шв Франки.
был же договор в евро, была валютная оговорка, мол можно платить Шв Франками, по курсу такому-то...
теперь подавать ДТ нужно во франках, но при этом нужно скорректировать ВБК к УНК чтобы у вас не было двойного сальдо, а именно указать эквивалент шв. франков в платеже в евро...
кароч намудрили вы со своим банком.., пчему валютный контроль вас вообще перевел в другую валюту? категорически не согласен и руки вырвать тому кто поменял вам валюту контракта!

хотя можно попробовать вернуть УНК обратно в Евро и подавать в евро.

Я так понимаю, что если мы платим в определённой валюте, то и унк должен быть в ней, или я не прав?

не правы, во внешнеторговом договоре должны быть оговорены валюта контракта, а также порядок совершения оплаты, платёж может быть как в валюте контракта, так и в любой другой валюте, если это предусмотрено договором.
например, "сумма настоящего договора составляет 1 000 000 евро 00 евро центов. валюта платежа по настоящему контракту является евро, допускается совершение оплаты по договору в шв франках, по курсу цб рф на дату оплаты" это называется валютная оговорка.
инвойсы вам выставляют в евро, платите вы в евро и/или шв франках
при этом в сведениях о валютной операции, ныне это док свободного формата, форму которого каждый банк утверждает самостоятельно, вы должны будете указать эквивалент евро вашего платежа во франках, например 1000 шв франков = 850 евро 50 евро центов (суммы от балды взял) в ВБК к УНК будет в разделе 2 запись внесена, платеж в шв франках, еквивалент в евро, и таким образом в разделе сальдо расчетов будут отображаться евро.