Решение Комиссии ТС №888 от 9.12.2011
Скорректирован срок действия документов, подтверждающих безопасность продукции (товаров), предъявляемых при ввозе подконтрольных товаров на таможенную территорию Таможенного союза
документы, подтверждающие безопасность продукции (товаров), в части ее соответствия санитарно-эпидемиологическим и гигиеническим требованиям, оформленные уполномоченными органами Сторон до вступления в силу Соглашения Таможенного союза по санитарным мерам, действуют исключительно на территории Стороны, выдавшей данные документы, в пределах указанного в них срока, но не позднее даты вступления в силу технического регламента Таможенного союза на соответствующие виды продукции (товаров), если иное не установлено техническим регламентом Таможенного союза на такие виды продукции (товаров) или решением Комиссии Таможенного союза о его принятии.
http://www.consultant.ru/law/hotdocs/16162.html
Как понимаю, ранее выданные СЭЗ можно будет использовать и после 1.01.2012.