[l e x]

а как быть если всё приехало вместе? В органе по сертификации говорят, что запчасти не подлежат.

Сначала нужно, чтобы была введена в оборот установка. И только когда она уже введена в оборот, можно не предоставлять при ТО запчастей к ней разрешительные документы. Подайте две ДТ. Сначала на установку, потом на запчасти.

Так и делать. Первая ДТ - установка, вторая - ЗИП