...Нарушения связанные с неуплатой платежей относятся к длящимся (письмо №01-06/20585 от 27.05.02) и потому отсчет срока давности начинается с момента обнаружения правонарушения.  
     
Где Вы такое лохматое письмо откопали?

 Административное правонарушение, предусмотренное ч.2 ст.16.2 КоАП является
 оконченным в момент регистрации таможенным органом ДТ, поскольку с момента регистрации ДТ становится документом, свидетельствующим о фактах, имеющих юридическое значение. 
Следовательно 2 года надо исчислять со дня регистрации ДТ, а не с того момента когда кто-то чухнулся, что накосячил!