[IM-EX]

На каком основании? В ЗТК можно помещать товар, на который вообще ДТ не подавалась. Иными словами, ДТ представляет собой "нули" во всех графах. Tabula rasa.

Это уже конкретика.

Под какой подпункт пункта 2 инструкции по Вашему мнению подпадает данный случай?

Намбер ван.
У Вас при подаче груза на границу в контейнерах, номера оных отсутствуют в гр. 31 ДТ. И Вам НЕ ДАДУТ РАЗРЕШЕНИЯ НА ПОГРУЗКУ НА БОРТ СУДНА.
Для того чтобы внести эти изменения, нужно зафиксировать бумагой факт перегрузки.
Как правильно отметил баллоныч в тут
7.1. В случае разгрузки, перегрузки (перевалки) товаров, вывозимых с таможенной территории Таможенного союза, совершения с такими товарами в пути их следования к месту убытия иных грузовых операций, а также замены транспортного средства международной перевозки, перевозящего такие товары, вследствие аварии, действия непреодолимой силы или иных обстоятельств, связанных с технической или коммерческой неисправностью транспортного средства международной перевозки и препятствующих перевозке товаров, таможенный орган места убытия принимает решение об оформлении разрешения на убытие товаров с таможенной территории Таможенного союза при наличии следующих документов:
документ, используемый в соответствии с таможенным законодательством Таможенного союза либо законодательством государства – члена Таможенного союза в сфере транспорта и подтверждающий основания совершения в отношении товаров и (или) транспортных средств международной перевозки операций (т.е. перегрузки), указанных в настоящем пункте."
Поэтому Вам как вариант надо смотретькаким документом можно зафиксировать факт перегрузки в соответствии с уставом ж/д или автотранспорта (может быть есть форма утвержденная). Я Вам предложил акт составить подписать сторонами участвующими в перегрузке.
Это и будет документ 02099 на основании которого может быть выпускающая таможня разрешит отправить груз без внесения изменений в 31 и 19 гр. ДТ.
Но я очень сильно сомневаюсь что так будет. Они просто потребуют внесения изменений и оформления КДТ.