[ИгорьЮ+]

Нет не правильно, просто тут подтверждается, что как и при транзите в место доставки так при прибытии ( наш случай ) если ДТ подана в течении 12 часов с момента оформления прибытие, то товар можно не помещать на СВХ.
Этим можно объяснить только отсутствие ДО.
Но конечно судно сначала должно быть в ЗТК на момент подачи ДТ и прибытие таможней должно быть оформлено.
Я вижу единственную возможность и вам и таможне ка кто улучшить ситуацию это сделать ДТ предварительной. Хотя и в этом случае невозможно объяснить выпуск ДТ до оформлении прибытия ( вы написали что судно пришло через 5 часов ).
Но надо проверить хронологию событий. Может они Вам прибытие оформили так же незаконно, раньше.

предварительной уже никак