Знакомая позиция.
После подачи заявлений о распоряжении  таможня реально оформляла зачет авансовыз платежей в качестве таможенных платежей или нет?.
Я недавно подключился к дисскусиям на форуме.  Смотри 
http://www.tks.ru/forum/showthread.php?t=136041 и ссылки на другие темы в ней.
Стало понятно, что в некоторых  таможнях гтд принимают и после 15 дней с даты предъявления первой поставки, в некоторых принимают только  если партии поступили в один день, в некоторых вообще не увязывают это с периодической декларацией.Полный разброд в умах
Разъяснение ФТС  ничего таможням не дали., поскольку в них отсутсвует ответ на вопрос,  о возможности продления срока подачи в соответствии с п.2 ст.129.
Обратите внимание в письме ФТС возможность подачи периодической ГТД увязывют  с установленным сроком подачи ГТД и никак  не со сроком уплаты таможенных платежей и п.2 ст. 136.
В  моем последнем случае отказ мотивирован аналогично вашему, до этого были другие варианты причин отказа.Заявления на списание тоже подавал, но не по каждой партии, а одномоментно до истечения 15 дней с даты первой поставки комплектного товара.
Мотивация поставила меня в тупик в первую очередь  потому, что п.2 ст. 136 никогда  не понимался так  как его сейчас модно понимать ( Кстати какое у вас управление ). В настоящее время обжаловал решение в управление, но при подготовке жалобы потратил более месяца чтобы понять в чем смысл этого пункта.
Полагаю что понял праильно.
Аргументация  основана на ст .99,132,136,333,329,332,349 .
Главное. ст.136 распространяется  на все виды периодического декларирования при некоторых  видах применение действительнопможет привести к нарушению сроков уплаты, например при применени  периодического временного декларирования российских товаров и тогда таможня обосновано отказывает в принятии такой декларации ( по этому вопросу есть  несколько писем  ФТС и решение высших судов).
Однако подача на ввозимые товары периодической декларации до выпуска !!! при применени процедуры временого хранения не может нарушать срков уплаты там платежей.   
Может с моим мнением и можно поспорить, но я наставиваю в таможне и управлении обратить внимание на п.2 ст. 136  где сказано "что, применение периодического декларирования НЕ ДОЛЖНО ПРИВОДИТЬ !!!  ... к нарушению сроков уплаты таможенных платежей".
Я понимаю это так , что применение периодического декларирования не может быть причиной !!! нарушения сроков уплаты, а не наоборот  То есть нарушение сроков не может быть следствием подачи периодической ГТД .При ввозе и  временом хранении  в пределах сроков врем хранения сроки уплаты никогда не нарушаются. Посмотрите например  методичесие рекомендации ФТС по ст. 16.22 Коап.
Вот и спросите таможню, господа если Вы считаете , что нарушены сроки, то возбуждайте дело по ст. 16.22 и потом, почему вы любезные не приняли мер по принудительному взысканию с нас платежей. Интерсно послушать ответ.
Все  устал, возраст.