На часть товара выпуск запрещён, а потом выпустили. Сколько конвертировать рублей?

[user's]

Недостаточно подробно прочитали.
Читаем ЕЩЕ РАЗ п.5. порядка заполнения справки:

...и фактурная стоимость товаров... указанные в подтверждающем документе.

Справка о подтверждающих документах подается на выпущенные товары согласно п. 2.4. того самого 258-П. Это не моё мнение. Это первоисточник. Указывать в общей сумме ГТД также подсуммы невыпущенных товаров - это и будет нарушением.

По п. 2.4. согласен - это более вменяемый аргумент
Пожалуй, в следующих редакциях этого документа данный момент будет отражен более подробно.