Будет ли АП?

[Unforgiven.]

...Нарушения связанные с неуплатой платежей относятся к длящимся (письмо №01-06/20585 от 27.05.02) и потому отсчет срока давности начинается с момента обнаружения правонарушения.

Где Вы такое лохматое письмо откопали? Административное правонарушение, предусмотренное ч.2 ст.16.2 КоАП является оконченным в момент регистрации таможенным органом ДТ, поскольку с момента регистрации ДТ становится документом, свидетельствующим о фактах, имеющих юридическое значение. Следовательно 2 года надо исчислять со дня регистрации ДТ, а не с того момента когда кто-то чухнулся, что накосячил!