Перетекание стоимости из железа в софт для экономии на НДС

[user's]

При вывозе из, например, Евросоюза в ОЭЗ РФ, EX закроется на полную сумму.

Закрыться то он закроется, только это будет означать, что Вы купили оборудование с активированными лицензиями. И оформлять ввоз теперь следует именно по этой полной стоимости: железо + лицензии.

Далее, по 2-му контракту, который за услуги - разве не придется платить НДС? Насколько я понимаю, НДС не облагаются только лицензионные договора в особых случаях (см. вложение).

Как составите контракт, так и с НДС будет.
Нет никаких проблем при покупке лицензии заключить лицензионный, а при необходимости дальнейшей продажи - сублицензионный договор, который м.б. Приложением к этому контракту.
И не забывайте, что кроме НДС вопрос прибыли появится.