Отказано в выпуске груза из-за отсутствия маркировки ЕАС

[Quantum satis]

Можно. Стартеру АП ваяют - судя по его исходным, скорее всего по 16.3.

Обжаловать действия таможни при грамотном подходе не составляет глобального труда, учитывая что серты в наличии.

Моё мнение, что незаконными являются действия по отказу в выпуске, их и надо обжаловать.
Для того, чтобы понять, есть ли смысл обжаловать грядущее постановление о привлечении к ответственности по 16.3 КоАП, слишком немного данных.