коробка бижутерии

[Quantum satis]

например, отправитель по ошибке положил эту коробку, а узнал я об этом только перед прибытием контейнера в порт Луги.

То есть, отправитель Вас всё-таки известил документально о наличии в контейнере коробки?
В таком случае, думаю, возможно подать таможенную декларацию, поместив товары в коробке прибывшие, под процедуру реэкспорта. Насколько я понимаю, приказ 971, ссылка на который дана выше, это позволяет сделать.