Сертификат после принтия ГТД

Почему бы и нет? К моменту выпуска сертификат был уже предоставлен.
А дело завели, поскольку сертификат НЕ был предоставлен при подаче ГТД.

Вполне правомерно. Порядок действий при отсутствии сертификата определён п.5 ст. 131 ТК РФ.

абсолютно верное мнение. квалификация по ч. 1 ст. 16.3 тоже верная.

автору - я офигеваю - у вас на руках постановление, а вы до сих пор сомневаетесь требовал ли заявленный по гтд товар представления НА МОМЕНТ подачи гтд сертификата ПО ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВУ (и разъяснения МЧС тут не при чем, говорю - по законодательству) (ответьте себе на этот вопрос четко - да или нет, а не "вроде"). тогда и ситуация прояснится. и помните о сроках (10 суток) на обжалование.