Автомобиль из Германии на запчасти

[bodyul]

возможно ли как-то гладко для них решить вопрос...

Как я понял нельзя, ему потом въезд в РФ будет закрыт.

он имеет также и загранпаспорт гражданинка РФ, по которому въезд в РФ должен быть разрешен без проблем

На территории РФ этот человек будет гражданином РФ, со всеми отсюда вытекающими в виде таможенных сборов вне зависимости от его гражданства в других странах.