Как указать 3-ю организацию в ДТ как плательщика платежей?

[Quantum satis]

Или есть другие варианты?

Есть.
1. Таможенный представитель заключает договор с декларантом (с экспедитором договор таможенный представитель заключить не может).
2. Экспедитор переводит деньги, необходимые для уплаты таможенных платежей, на счёт декларанта.
3. Декларант переводит полученные от экспедитора денежные средства в казначейство.
4. Таможенный представитель подаёт ДТ, указывая в ней номера платёжных документов, по которым таможенные платежи поступили в казначейство.