лаборатория сделавшая протокол для ДС не отвечает на запрос таможни, варианты решения

[l e x]

И снова - "увы"... Может.
P.S. К сожалению (или к счастью?) определение "недействительных документов" как "поддельных документов, документов, полученных незаконным путем, документов, содержащих недостоверные сведения, документов, относящихся к другим товарам и (или) транспортным средствам, и иных документов, не имеющие юридической силы" есть исключительно в 16 главе КоАП РФ.
Хотя, разумеется, все перечисленные документы могут иметь место в любой области деятельности, охватываемой КоАП-ом.

Таможня может иметь основания полагать, что данный документ недействителен, основываясь на признаках, указанных в главе 16. Но признавать документ недействительным - не в ее компетенции. Отмена решений Ос - это вотчина судов и росаккредитации