Сертификат после принтия ГТД

выпустили....до административки ???

Почему бы и нет? К моменту выпуска сертификат был уже предоставлен.
А дело завели, поскольку сертификат НЕ был предоставлен при подаче ГТД.

правомерно ли таможня завела дело об АП?

Вполне правомерно. Порядок действий при отсутствии сертификата определён п.5 ст. 131 ТК РФ.