Как бороться с корректировкой таможенной стоимости?

Не совсем так. Поскольку уплачены таможенные платежи в Казначейство, то, как правило, по искам о взыскании излишне уплаченных сумм (неправомерные действия таможни) исполнительный лист с пакетом подтверждающих документов направляется в Казначейство, которое в 30-дневный срок обязано вернуть истребованную сумму на р/с импортера.
Бывает второй вариант, он проще, если импортеру постоянно нужна оборотка на таможне - тогда пишется письмо и уплаченные платежи идут в зачет будущих поставок. С таможней делается сверка, как обычно и по накатанной.

Можно и так, коллега.
Вопрос-то был задан о возможности взыскания.
В настоящее время это решаемый вопрос и опытные адвокаты все смогут сделать быстро.
Тут есть одна проблема. Адвокаты должны быть опытными и профильными, то есть специализирующимися на таможенном законодательстве и судах с таможенными органами. Поскольку таможенное законодательство РФ самое запутанное (с этим даже таможенники согласны). Такой подход к решению данного вопроса значительно сократит время.