таможенный кодекс изменился

Не понимаю, правда, как теперь можно будет доплачивать с учетом этих введённых КБК (коды бюджетной классификации).

Авансом на все КБК. И на все с запасом. Эти копеечки в запас, которые никто никогда не станет возвращать, ввиду их малозначительности, сольются в полноводную реку дополнительного внепланового дохода. В этом и кроется скрытый смысл изменения статьи. Авансирование с запасом.