подскажите пожалуйста

[В кустах]

Запросите акт сверки

Не годиться. Акт составляется на расходование авансовых таможенных платежей (ст. 330 ТК).

Прямых оснований для запроса наличия задолженности нет.

Кривое основание: п. 3 ст. 387 ТК. Основание кривое,т.к. в п.2 этой статьи явно не сказано о том, что там. органы накапливают информацию о задолженности по уплате таможенных платежей.

Сделайте обычный запрос, в течении месяца Вам должны ответить. Копию запроса и ответ таможни отдайте в налоговую.

Если налоговая сама сделает запрос в таможню, ответ получит быстрее.

Есть во всём этом одна особенность. До недавнего времени таможни не располагали сведениями о задолженности уч. ВЭД перед другими таможнями. Не знаю как обстоит дело сейчас, но пару лет назад такого не было.

Т.е. справка от Новосибирской таможни об отсутствии у уч. ВЭД задолженности означает то, что перед Новосибирской таможней у уч. ВЭД задолженности нет. Но задолженность может быть у уч. ВЭД перед другой таможней, например ЦАТ.