Запасные части в комплекте с оборудованием

Компания импортирует оборудование для строящихся судов.
По требованиям Российского Морского Регистра Судоходства (орган надзора за судами) оборудование должно поставляться с комплектом запасных частей. Это расходники, для некоторых видов оборудования - конкретный набор, для некоторых видов - по часам наработки.

Как доказать, что это отдельно не покупалось, а шло в комплекте с оборудованием?

Предъявив соответствующий договор купли-продажи.

Как их растамаживать?! Точнее, меня интересует вопрос, как растаможить запасные части под одним кодом с оборудованием?

Зачастую - никак. Поскольку "растаможивать" (а точнее - "классифицировать") товары следует в соответствии с правилами интерпретации ТН ВЭД. Их всего 6 и они не слишком сложные.