как доказать, что взаимозависимость не повлияла на цену сделки

[Nutts]

а что Вы имеете ввиду, Nutts

1. Уровень цен на Ваш товар (коммерческие предложения, распечатки из интернета и т.п. - если возможно)

цена, по которой мы продаем нашим покупателям или цена на идентичные товары других продацов?

насколько я поняла, сложность не только в том, чтобы доказать цену, но еще и доказать, что наличие взаимозависимости не повлияло на цену сделки..

Цена, по которой Вы продаете покупателям - это себестоимость импортного товара + наценка; также можете после калькуляции сравнить Вашу розничную цену с розничными ценами конкурентов (но при этом не забудьте, что Ваша цена должна быть ниже). Тем более, в Пояснениях эти вопросы есть.
Цены на идентичные товары - тоже предоставить, если возможно (иные коммерческие предложения от других иностранных или российских поставщиков, обзор рынка (если есть), биржевые котировки).
Особо усердствовать не надо (помните, любая Ваша инициатива с предоставлением того/иного документа закончится тем, что с остальных учВЭДов начнут требовать такие же документы). Не нужно 50 документов ни о чем, лучше 5, но железобетонных.

В Пояснениях напирайте на то, что все Ваши отношения с поставщиком находятся в рамках уставных документов (т.е. не надо отрицать очевидное; надо доказать, что на рыночную цену ничего не повлияло). Пусть попробуют доказать обратное.