К вопросу о классрешениях

[SandySoft]

...как будут оформлятся оставшиеся партии (по ОПД или нет) и что будет с уплатеной ранее пошлиной ?

Срок действия классификационного решения, полученного Вами в рамках Приказа № 388, начнет течь с момента оформления первой партии. В Вашем случае ею может оказаться и партия, которая фактически будет второй. Она окажется первой, оформленной в рамках этого классификационного решения.
Вы можете конечно пойти по этому пути, но он довольно "шаткий" именно по той причине, что у Вас часть компонентов оказалась за пределами классификационного решения. В результате, когда Вы ввезете все остальные партии компонентов, оформив на них заявления в порядке, предусмотренным Приказом № 388, и будете готовы подать завершающую ГТД, у Вас не будет хватать того оборудования, которое Вы уже оформили, немного поторопившись.
До прихода второй партии компонентов попытайтесь обратиться в ФТС с просьбой исключить оборудование, на которое Вы уже подали ГТД из приложения к выданному классификационному решению. Если эти комплектующие не столь существенны, то возможно Вам пойдут на встречу. В этом случае Вы все остальные компоненты оформите как единую машину с 0 пошлиной. Пошлину, которую Вы заплатили уже не вернуть. Она не может быть учтена при подаче завершающей ГТД на всю машину.
Другой вопрос, который у Вас обязательно возникнет, это то, как Вы будете приходовать эту машину и её куски, оформленные отдельно.
Почитайте эту тему, где подобная Вашей ситуация уже рассматривалась.