2 паспорта сделки. как быть?

[IM-EX]

Но с другой стороны как они будут с одной ДТ, в которой указан только один ПСи отчитываться перед двумя банками?

Не делайте мне смешно. Вам русским языком написали.
1 банк, 1 ПСИ - ЗАКРЫВАЕТСЯ дополнительным соглашением о переводе в другой банк (с кредитовой разницей по ведомости банковского контроля. Эту ведомость кстати Вы должны предоставить в новый банк).
2 банк, 2 ПСИ - указывается в ДТ и закрывается справкой о подтверждающих документах на всю сумму ДТ.
Например в ДТ 100000 тыр, в СПД - 100000 тыр, по 1 ПСИ оплатили 30000 тыр, по 2 ПСИ оплатили 70000 тыр.
Читайте 117-И и 258-П и не заморачивайтесь.
Вам банк просто не откроет 2 ПСИ, пока не закроете 1 ПСИ и не принесете ведомость контроля.