автомобиль с немецкими номерами на тер.России.

[Kaiser]

Но в австралийском паспорте нет русской визы при въезде в РФ,т.к. у меня паспорт РФ.
Это не будет препятствием?

Суть ВВ - что Вы как иностранец въезжаете временно в РФ. Если Вы живете в РФ постоянно (как резидент), тогда пошлины надо платить. А если едите в гости, то платить не надо.

У нас есть иностранцы из некоторых стран, которые въезжают в РФ без визы. Им на основании зарубежного паспорта дают ВВ. Например молдаване, узбеки, турки, азербайджанцы и и тд. Есть также много граждан дальнего зарубежья.

И потом как я уже написал - визу проверяют пограничники, им Вы показываете паспорт РФ. Таможне - паспорт Австралии. По закону гражданин РФ может постоянно жить за границей и иметь гражданство другой страны, так что здесь нет противоречий.