Списание авансовых таможенных платежей с разных платежных поручений

[Я - то что надо]

Таможенник должен списывать деньги именно с тех платёжек, которые Вы указали в декларации.
Ваше действие не что иное как то самое распоряжение авансовыми платежами лицом, внёсшем их (см. ст. 121 Закона о таможенном регулировании)

А что делать с таможенниками, которые злостно списывают платежи, как им вздумается?

Если таможенники самовольничают, то объясните им, что авансовый платёж является Вашим имуществом и таможенный орган не вправе их трогать до тех пор, пока Вы не сделаете ему соответствующее распоряжение.
А то, что они без Вашего распоряжения использовали авансовые платежи по такому-то платёжному поручению, относительно которого Вы не давали распоряжение, является самоуправством, за которое предусмотрена административная ответственность.

Увы, думаю, это "не прокатит".. Допустим, было у организации на счету в казначействе 1 млн.рублей авансовых платежей. По ДТ таможня списала 100 тыс. Осталось 900 тыс. А на каких именно платёжных поручениях - дело десятое. Где ж тут самоуправство?